1996年（平成8年）東京大学大学院総合文化研究科博士課程単位取得満期退学。同年、山形大学人文学部助教授。2004年（平成16年）山形大学でナスカ地上絵の共同研究を開始。2009年（平成21年）山形大学教授。2012年（平成29年）山形大学ナスカ研究所副所長。2017年（平成29年）外務大臣表彰、2025年（令和7年）米国科学アカデミー・コッツァレリ賞。専門は文化人類学、アンデス考古学。著書 Reyes, Estrellas y Cerros en Chimor (Editorial Horizonte、1998)、『ナスカの地上絵：分布規則・制作目的・保護』（在日ペルー共和国大使館、2023）。編著 『ラテンアメリカ』（朝倉書店、2007）、『ナスカ地上絵の新展開』（山形大学出版会、2008）、『文明の盛衰と環境変動』（岩波書店、2014）、Centros de Lineas y Ceramica en las Pampas de Nasca,Peru, 2010　(Yamagata University Press、2014)、Centros de Lineas y Ceramica en las Pampas de Nasca, Peru, hasta el ano 2018 (Yamagata University Press、2019)、『古代アメリカの比較文明論』（京都大学学術出版会、2019）、Lineas y Ceramica en las Pampas de Nasca, Peru, 2011-2013 (Yamagata University Press、2021)。主要論文 Sakai, Masato, et al. "Accelerating the discovery of new Nasca geoglyphs using deep learning." Journal of Archaeological Science 155 (2023): 105777. Sakai, Masato, et al. "AI-accelerated Nazca survey nearly doubles the number of known figurative geoglyphs and sheds light on their purpose." Proceedings of the National Academy of Sciences 121.40 (2024): e2407652121.